Вода в резервуарах не подвержена больше никакой обработке, поэтому любое новое или вторичное загрязнение представляет для здоровья человека особую опасность. Во время эксплуатации резервуаров должны выполняться все меры, которые необходимы для предотвращения вторичных загрязнений, в том числе и дезинфекция резервуаров питьевой воды.
В связи с тем, что в резервуарах со временем накапливается осадок, их необходимо очищать, промывать и дезинфицировать. После спуска воды резервуар должна осматривать комиссия, в составе которой должен быть представитель санитарного надзора. Данный осмотр должен проводиться и после окончания работ. Очищение, промывка и дезинфекция резервуаров проводятся только теми лицами, которые имеют специальное разрешение и прошли медицинский осмотр, проинструктированы и обеспечены специальной обувью и одеждой.
При очищении резервуаров механическим способом, сначала удаляется осадок, который имеется на дне, потом стены и поддерживающие колонны очищают от грязи стальными щетками. Дальше дно и стены промывают водой из шланга. И потом проводят дезинфекцию резервуара. Большие резервуары целесообразнее всего дезинфицировать при помощи орошения раствором хлорной извести.
При дезинфекции резервуаров питьевой воды возникает много трудностей, которые заставляют изменить обычную методику, которая приемлема для дезинфекции. Особенно это касается дезинфекции эксплуатируемой сети. В этом случае необходимо сократить время выключения сети из эксплуатации. Такого эффекта можно достичь увеличением дозы хлора до 100 мг/л. При данном условии время контакта можно сократить до шести часов. Для того, чтобы обеспечить быстрый выпуск воды из сети после промывки, в сети необходимо организовать контрольные пункты. В определенное время прекращается подача воды в дезинфицируемую сеть, и дается сигнал контрольным пунктам начинать опорожнение сети. На протяжении всего времени контакта дезинфицирующего раствора с водой контрольные пункты не разрешают разбор населением воды, чтобы верхние отделы сети не остались без дезинфицирующего раствора. Если дезинфекция проводится днем, то такого результата достигнуть трудно, поэтому на протяжении всего периода установкам дезинфекции воды рекомендуется три раза подавать в сеть дополнительное количество дезинфицирующего раствора .